ClustalX多重序列比对软件

　　ClustalX多重序列比对软件是一款生物学上用来研究分子序列的应用软件，主要用来对核酸与蛋白序列进行多序列比对，该软件具有多重分子模拟对比分析功能，可以将不同的序列组合进行微观处理研究，通过分布图的差异对比两组分析结果，可以研究出各物种的基因差异、特征、对生物进行分类等，软件利用生物的DNA或蛋白质进行比较，有效的确定该生物的属性，可以将不同生物的序列进行比较，非常方便，需要的朋友不妨下载试试！

功能简介

　　CLUSTALX－是CLUSTAL 多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。

　　序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。

　　你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；你可以选择序列子集进行比对；你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。

安装方法

　　1、下载解压文件，找到clustalx.msi双击安装

　　2、选择安装位置C:Program Files (x86)clustalclustalx

　　3、准备安装，点击install进入安装

　　4、安装完成

使用方法

　　1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“Load Sequence”载入待比对的序列，

　　2.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘贴)、Select All sequences(选定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列选定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(仅移除选定序列的空位)

　　3.参数设置：可以根据分析要求设置相对的比对参数。通常情况下，我们可以使用默认参数。比对参数主要有六个，分别是Reset New Gaps before Alignment(比对前重置新的空位参数)，Reset All Gaps before Alignment（比对前重置所有空位参数），Pairwise Alignment Parameters（两两序列比对参数），Multiple Alignment Parameters（多重序列比对参数），Protein Gap Parameters（蛋白空位参数），Secondary structure Parameters（二级结构参数）

　　修改参数只需点击相应标签，示例比对的是多序列比对，故可选择“Multiple Alignment Parameters”弹出参数设置窗口，如图5所示：

　　4.完全比对：返回菜单栏选择“Complete Alignment”标签，此时会弹出输出文件路径的设置窗口，设置Guide Tree File（向导树或指导树文件）、Alignment File（比对文件）的保存位置（存放路径），点击“Align”按钮程序自动开始序列的完全比对，比对所需时间因序列文件大小和长度、计算机性能而异

例子说明

　　A、B、C三条序列比对.

　　其实就是

　　A和B比

　　A和C比

　　B和C比

　　同理n条多序列比对就是做nC2次两序列比对,因此多序列比对的本质就是多次两条序列比对,也就是某条序列和其余的各个序列都进行一次比对.那么参数的设置当然就是设置两条序列比对时的规则就可以了.

　　Clustalx的多序列比对算法是基于双序列比对的,它先将所有序列两两比对,然后根据两两比对结果构建指导树,再根据指导树依次添加相似度最高的序列,直至全部序列都被加入.所以对双序列比对参数的设置是Clustalx进行多序列比对所必需的~

汉化说明

　　直接释放本压缩包到任意目录后后运行主程序即可!

　　程序中专业性的术语因个人译法不同，特附参考翻译说明，不当之处还望大家批评指证，以臻完善!

　　本软件资源主要为ASCII资源，已完美汉化之，并为主菜单添加了相应快捷方式以方便使用:-）

　　特别感谢汉化新世纪论坛雅枫兄帮忙解决了软件中字体的美化问题，并特别添加了XP样式:-)

常见问题

　　1，从网上看来说CLUSTALX软件使用的时候，开始要输入FASTA格式准备的DNA序列test.seq文件。请问这种文件怎么生成啊?记事本?

　　其实没有规定的文件名，不一定是叫test.seq，任何你想要的都可以，除了中文名（下面会说明）。主要里面的内容是正确的格式就行了~。Clustal支持的格式有多种，如NBRF/PIR, EMBL/SWISSPROT, Pearson (Fasta), Clustal (*.aln), GCG/MSF (Pileup), GCG9/RSF and GDE等

　　2，什么使用ClustalX时，总是导入不了序列，出现 ERROR:Can not open output file??

　　这个问题挺多人碰到过的~这是因为你导入的文件的路径包含有中文名。把文件放在其它地方看看。最好路径也不要有空格了。当然前提是你的格式要正确了。这个问题同样适用于ClustalW或其它dos类的软件

　　3，ClustalX比对后的结果中.aln文件是什么？

　　这个是序列比对结果的文件。关于这部分，你可以看如何把clusterX的结果转为漂亮的图片

　　4，ClustalX比对后的结果中.dnd文件是什么？

　　这个文件是系统进化树文件，需要装TreeView软件才能看（用Dnaman也可以的），进化树显示工具TreeView的下载　　pzpitafvjndm