SSRHunter

　　ssrhunter软件是一款非常不错的免费工具；它是由南京农大金陵研究院的李强编写的微卫星DNA，位点查找软件，只要的目的就是为了方便专业人员在比较长的序列中搜索出潜在的SSR位点，并且还可以对SSR进行标记的操作，而且使用者还可以利用搜索的结果，开发出新的SSR标记，需要的朋友赶快将ssrhunter软件下载来使用试试吧！

基本介绍

　　南京农大金陵研究院李强 编写的SSR（Simple Sequence Repeat，即简单序列重复，又称微卫星DNA）位点查找软件。

　　基因组研究的发展，使得利用生物信息学方法在一个相对狭小的基因组区段内开发新的SSR标记成为可能。

软件功能

　　序列整理

　　打开序列>序列整理，可以去除序列中所含的数字、空格等非法字符。反向序列

　　打开序列>反向序列，将序列转变为原来的反向序列，同时进行序列整理。互补序列

　　打开序列>互补序列，将序列转变为原序列的互补序列，同时进行序列整理。反向互补序列

　　打开序列>反向互补序列，将序列转变为原序列的反向互补序列，同时进行序列整理。　　首先面临的任务就是潜在的SSR位点的搜索

软件特色

　　已有的方法或多或少存在这样或那样的缺陷

　　文章介绍了利用Visual Basic语言开发本地化的SSR位点搜索软件的尝试

　　所编制的SSRHunter软件能够较出色地完成这一任务

　　此外，SSRHunter还提供了自动序列预处理

　　常规的序列整理和序列变换功能以及方便的结果输出方式

使用方法

　　1、下载文件找到"SSRHunter.exe"双击运行，进入软件安装向导界面；

　　2、进入软件安装向导界面，点击下一步；

　　3、点击我接受许可协议中的条款，点击下一步；

　　4、软件介绍，软件概要，点击下一步；

　　5、系统信息，点击下一步；

　　6、文件咱位置，建议安装在D盘，点击下一步；

　　7、安装成功，点击结束；

使用方法

　　1、进入软件主界面，出现下图界面；

　　2、序列包括了序列整理、反向序列、互补序列等；

　　3、点击相关忘了资源出现下图界面；

　　4、点击帮助里面的关于，出现下图界面；

　　5、SSR位点的搜索；

更新日志

　　SSRHunter 1.3

　　1、修正了在文本框中贴入序列时按ctrl＋v序列会贴两遍的错误。

　　2、添加了帮助文档。

　　3、在工具栏中添加了几个自制的与序列相关的按钮。

　　4、制作了安装程序包，正式向外发布。

　　SSRHunter 1.2

　　1、添加了工具栏，并进一步完善了菜单栏和工具栏。

　　2、添加了“输出结果”窗口。

　　3、搜索结果输出时，将SSR位点序列与其侧翼序列分别以大、小写表示，便于区分。

　　SSRHunter 1.1

　　1、添加了进度条和状态栏，以及几个简单的菜单。

　　2、添加了“关于”窗口。

　　3、添加了两个选项卡，分别是构成重复元件的最大核苷酸数选项卡和期望的最小重复次数设定框。用户可以自行设置这两个参数，从而大大加快搜索的速度。

　　4、将输出结果显示在文本框中。

　　5、在搜索结果输出时，除了显示所搜索到的SSR位点相关信息外，增加了各个位点的侧翼序列，设定为上下游各150bp，用户可以直接复制显示的序列，作为模板，粘贴入PCR引物设计软件（如primer premier5.0等），进行SSR引物的设计。

　　6、将序列窗口改为Richtext, 允许任意大小的序列。