chromas(基因测序峰图查看软件)

　　chromas是一款简单实用的基因测序峰图查看软件，通过该软件，用户可以对基因数据的变化进行监控测量，采用峰图的转换模式对基因变化的点、线、区域进行直观的分析，有效的检测基因数据的序列变化；软件支持打开ABI格式的文件，让用户能更好的调用约定控制着函数的参数、数据类型、数据对齐、函数调用约定以及函数传递参数，让用户对基因序列的排序，峰图制作变得更加简单，更加高效，如果您在从事科研的过程中需要测序列和查看彩图，就可以通过chromas帮助您快速的完成基因测序峰图制作，需要的朋友赶快下载试试吧！

软件功能

　　查看基因扫描文件。

　　*保存在SCF和应用生物系统格式。

　　*打印与选项的色谱图缩放或适合一个页面。

　　*以纯文本格式的基本出口序列编号、FASTA、EMBL、GenBank或GCG格式。

　　*序列复制到剪贴板中的文本或FASTA格式粘贴到其他应用程序。

　　*输出序列从批量的色谱文件，与自动去除的矢量序列。

　　*反转和补充序列和色谱图。

　　*搜索序列的精确匹配或最佳对准。

　　*显示在3个帧的翻译与序列。

　　*复制粘贴到文档或演示文稿的色谱图部分的图像。

软件特色

　　在应用生物系统公司，施塔登色谱（SCF），MegaBace（.esd），454 SFF，FASTA，FASTQ，EMBL，GenBank中，SWISSPROT，GenPept登记，GCG RSF和纯文本格式打

　　开和保存序列。

　　将重叠序列组装一致，自动显示含糊不清的序列并编辑。

　　生成限制位点和片段图，并且列举切割、无切割和片段。

　　染色体图开放阅读框，借助G+C框架图，点击一下即可翻译ORFs。

使用方法

　　打开email后，把附件中的所有文件保存到硬盘，先阅读使用说明，然后运行Chromas补丁文件，接着双击打开Chromas应用程序，图1为打开Chromas后的程序界面。

　　1. 点击菜单栏上的“File”中的“Open”或点击工具栏上的“Open”按钮,打开文件。

　　如图 2，找到您存放email结果的目录，选中一个图谱文件（在此以图谱A为例）。

　　2. 打开了图谱文件以后，窗口内显示的是测序结果的峰形图.

　　由于测序仪器或其它一些原因测序结果会有一些误差。

　　双脱氧终止法测序是从引物3'端之后第一个碱基开始测序.没有测序的引物序列.

　　测序时，由于荧光染料的干扰，测序结果在引物3'端后面的10至30个，严重时可能达到70个以上碱基不一定能够准确判读，需你根据自己的已知序列信息及测序彩图作出判断

　　如图在第一个位置处漏读了一个A，在第五和第六个碱基中间，测序仪漏读了一个A碱基，第二个碱基测序仪把C和A两个碱基误读为一个N值等。由于染料单体的干扰和迁移率的原因，这些问题较多的发生在序列的起始的部分。这些机器造成的错误可以人为的把其校正修改过来。图4为修改后的序列图谱。

　　但并不是所有的N值都可以校正，在此以PCR样品的B序列图谱为例，如图5，此序列在79bp后许多地方有N值，由于样品突变的原因，该序列中明显包含两种模板，因此有两套峰，这些N值是不能正确校正的，只能将该样品进行克隆后进行测序。

　　由于测序胶体迁移率的原因，一般的样品在500bp后峰形会有所变差，这样只能根据峰形作适当的修改，随着往后的峰形越差，能辨别的程度也就越低，若要确切的知道后面的序列，建议根据情况加测反应。

　　要提醒的是，校正碱基一定要根据峰形来作适当的校正，一个峰对应一个碱基，不可盲目修改。

　　3. 可以选取菜单栏上的“Edit”中的“Copy Sequence”下的命令来复制整个序列，“Plain Text”可把序列复制为纯文本形式，“FASTA Format”可把序列复制为FASTA格式，然后把内容粘贴到文本编辑器中，如记事本，如图6。

　　4. 可选取菜单栏上的“Edit”中的“Reverse Complement”来给序列做反向互补，如图7。

　　另外,还可以选取“File”中的“Export”或直接单击工具栏上的“Export”按钮来导出文件，导出文件时可以选三种不同的格式：“Line”、“Formatted Text”、“FASTA”。如图8。导出后的文件SEQ格式，即我们email给您的结果中的序列文件。

破解说明

　　先安装原版，把两个破解补丁都复制到程序目录中。

　　运行"补丁1.exe"，破解原版即可。

　　如果之前已经安装过 ChromasPro ，并且已过期。那么先运行“补丁0.exe"，在运行“补丁1.exe”。