基因序列分析软件(Gene Runner)

　　gene runner软件 是一款可以帮助生物研究与基因研究的人员提供基因模拟计算以及图像数据分析的工具，该软件在数据的模拟方面还是可靠的，开发以来，已经受到多位生物基因研究者的推荐，本软件可以执行的命令非常多，支持多种序列分析，您可以在一个界面上模拟不同组的序列，利用颜色以及图形的方式区别基因组的变化过程，通过软件的记录工具自动将实验得到的数据记录下来，方便分析实验的各项数据；基因序列分析软件(Gene Runner)目前还是英文版的，需要的朋友可以下载试试！

软件功能

　　基因的运动员是专业的应用旨在提供遗传学家和生物学家提供一个可靠的工具，可以帮助他们轻松地进行基因分析。

　　发现限制性位点

　　酶限制图方法位于更多方法菜单中，使您能够创建限制性映射。

　　在确定限制位点后，可以通过选择琼脂糖凝胶模拟命令来预测琼脂糖凝胶的限制性片段的电泳分离。在查看模拟凝胶时，您可以将光标移到任何片段上，以显示其范围、大小和限制切割每个末端的限制酶的头。

　　应用程序需要的格式文件所包含的遗传信息，然后可以使用“ORF分析”（开放阅读框）按钮，可以让用户设置优先核苷酸或氨基酸的大小，以及选择工作表的翻译。开放的ORF的项目后，用户可以对每个条目进行各种注释。

　　–矩阵模式

　　这种方法，位于更多的方法部分，发现序列特征，如起始位点，剪接受体位点和剪接供体位点。矩阵模式是在单独的数据文件中定义，Gene Runner软件矩阵式文件夹（MAC）。而由密码子预测方法确定的起始密码子是简单框架ATGs，矩阵模式方法考虑局部序列与预测功能的子集为ATGS起始密码子的目的。

　　允许你同步更新两个工作在相同的文件在任何或所有五lasergene应用在同一时间。这样的变化在一个应用程序将自动应用的两个相同的共享数据的其他应用程序。

　　开放和节省开允许你在任何序列文件的命名和保存应用以上文件的格式，这是usable市“任何的其他应用程序。

　　“限制性分析”功能的基因流道，用户只需检查的序列的一部分，通过进入优选的切位点。此外，他们可以分析所有的酶的类型或复发/非回文。此功能还提供了用户设置一个精确的分析区域和丢弃出挑的选项。

软件特色

　　Gene Runner软件允许你搜索序列或蛋白质相匹配的全部或部分的当前文件的多个在线数据库。另外，你可以搜索软件的starblast服务器，与NCBI的BLAST或文本服务器。执行任何应用网络搜索菜单Gene Runner软件在线搜索。

　　你可以开始一个Editseq项目空或空白文档，或者你可以从各种格式的文件，打开一个现有的序列。如果序列文件长于需要，可以通过坐标指定序列的子范围。

　　你也可以从一个数据库访问Internet或Intranet输入序列，如DNASTAR的starblast或NCBI的Entrez数据库。

　　Editseq显示DNA或蛋白质序列和相关的评论和特点三可调的窗格。进入一个新的序列，输入适当的Iub核苷酸或蛋白质编码。一旦你输入了一个序列，你可以选择将残基分成三胞胎，十列，或者你选择的另一组。检查精度的顺序使用Editseq的校对和语音验证功能。

　　Editseq的搜索功能让你找到位置，开放阅读框的瞬间。此外，还可以对序列的任何部分或部分进行反转、补充或查看统计信息。您也可以翻译DNA序列或反向翻译蛋白质序列使用定制，表达特定的遗传密码。

　　你可以写写序列的任何意见直接进入的Editseq窗口中间窗格。默认情况下，当打开序列时，将在下窗格中显示。您也可以创建自己的注释，带或不带翻译，并在一个共同的标题和描述下连接几个功能。

安装方法

　　1、首先下载GeneRunner.msi程序，双击安装，出现欢迎界面，点击下一步

　　2、设置软件的安装位置C:Program Files (x86)Gene Runner

　　3、安装预览，可以查看所有的安装信息，这里想要修改的话就点击上一步

　　4、单击“下一步”按钮，系统将对软件自动进行安装。由于用户安装选项不同，所以安装时间也不同。直到出现安装完成则表示系统安装完毕。

　　5、出现这个界面就说明安装成功了，在桌面打开软件就能使用了

使用方法

　　选择一个或多个结果

　　您可以使用以下任何方法选择结果窗口中的一个或多个结果。从“BLAST搜索结果”窗口的顶部窗格或文本搜索结果窗口中的结果列表中选择结果。一旦选定，则可以打开、查看、保存或打印结果的选择。

　　·单击结果只选择结果。

　　检查每个结果，点击结果窗口左边的结果。使用此方法可选择一组连续或非连续的结果。这种方法比使用Ctrl +点击的优势，因为你不会失去选择的结果，如果你忘记按住按钮时，选择一个结果。

　　文本结果搜索窗口

　　完成文本搜索后，会出现文本结果窗口。

　　文本结果窗口显示示例结果

　　此窗口呈现文本搜索的结果。在单个窗格中，列出与搜索条件匹配的所有结果。您可以搜索文本搜索的结果，以减少使用搜索文本搜索查询结果中描述的技术的匹配数，如下。有关使用“文本搜索查询结果”窗口的其他信息，请参见使用搜索结果窗口。

　　正常开放

　　使用此选项，或按Ctrl / Cmd的+ O（赢/ MAC）来创建一个新文档或打开一个现有文件中找到。

　　1。选择文件>打开。

　　2。定位并单击所需的序列文件。

　　三.如果要分析序列的子范围，请使用设置结束按钮。

　　4。单击“打开”。

　　复制

　　使用此选项或按Ctrl + Ctrl + C + +（Win / MAC）复制到剪贴板中的选择，同时仍然保留原始选择的文件。复制用当前选择替换剪贴板内容。如果范围选择器处于活动状态，并且部分序列已被高亮显示，则该部分将被复制到剪贴板作为ASCII文本。表格汇总也复制为ASCII文本。如果对象选择器是活动的，或者如果没有选择，整个测试表面将被复制到剪贴板作为Windows图片。

　　显示/隐藏可用的方法

　　使用此选项或按Ctrl + + + +（Win / MAC）打开的方法在分析的左侧边缘窗帘。当方法幕已打开时，此命令更改为隐藏可用的方法。该方法帘也可以打开或关闭拖动“方法窗帘拉”（在测试文件屏幕左上角的小圆圈）到右边或左边。见使用方法窗帘更多信息。

　　位置窗格

　　“功能编辑器”对话框中的“位置”选项卡打开位置窗格。此窗格允许您指定哪些序列坐标具有附加的描述性信息，以及如何将该功能标记为。该特征可以是一个连续的残基延伸，也可以是一系列段。

使用说明

　　偏好

　　仅使用此选项或按CMD +，输入或更改联机数据库搜索首选项或默认下载文件夹选项。请参见在联机数据库搜索下设置首选项，以获取有关使用此对话框的其他信息。

　　分配号码Keys tab也可以从这个对话框。有关此选项的附加信息，请参见指定编号键。

　　隐藏Editseq

　　使用此选项隐藏所有打开的文档窗口Editseq。显示这些窗口，选择Editseq >显示全部。

　　退出Editseq

　　使用此选项或按Cmd的+ Q离开Editseq。Editseq会提示你退出前保存未保存的项目。

　　·单击保存保存文档。

　　单击“放弃”关闭文档，不保存最近的更改或丢弃从未保存的文档。

　　单击“取消”返回文档，不保存或退出。

　　输出序列

　　序列可用于其他GeneRunner软件模块或外部程序Editseq出口。

　　·选择文件>保存和另存为一个序列的文档保存在GeneRunner软件格式。

　　·选择文件>导出保存一个序列在各种外部文件格式。

　　·选择文件>导出所有作为一个拯救所有相同类型的文件打开Editseq（DNA或蛋白质）在一个单一文件所需的格式。