UCSF Chimera(分子模拟软件)

　　UCSF Chimera是一款化学分析软件，可以帮助您在电脑上分析分子结构以及分子运动过程，您可以将自己的化学数据添加到软件分析，利用内置的运动分析或者是动画演示查看分子结构变化，也可以查看序列的变化，从而将复杂的化学分析转换到可视化的图形界面演示，对于交互式分析以及可视化分析都是很适合的；UCSF Chimera是国外的软件，内置英文的说明教程，可以按照软件的功能提示扎破的对应的分子分析工具！

软件功能

　　1、UCSF Chimera可以分析化学，可以通过软件研究分子结构

　　2、提供多种图形查看，最后的分析图形可以保存到图片

　　3、也可以将分子结构图保存到PDF

　　4、支持密度图分析，对分子密度计算

　　5、提供专业的计算器分析结果

　　6、支持序列对比，在tool工具上就可以找到分析对比的工具

　　7、您可以直接在工具找到分析氢键的方法

　　8、提供了一些化学知识，可以在帮助菜单找到知识搜索界面

　　9、测定任意分子中的原子类型，包括非标准残留物

　　10、支持添加氢原子的能力

　　11、可以对高质量的氢键识别

　　12、原子/键的选择，按元素，原子类型，官能团，氨基酸种类

　　13、交互键旋转，距离和角度测量

软件特色

　　1、UCSF Chimera是可以扩展的软件，可以帮助您将自己的化学工具扩展

　　2、您可以加载很多工具到UCSF Chimera软件分析

　　3、支持化学功能，对多个化学知识查看

　　4、支持帮助，官方提供了很多教程

　　5、支持结构功能，可以对很多分子结构查看

　　6、支持原子功能，对原子结果转换到可视化图像

　　7、UCSF Chimera直接对你的模型转换

　　8、也能替换指定的分子结构模型

　　9、可以对结构分析，可以对结构比较

　　10、分子的结构可以在UCSF Chimera软件上编辑

　　11、分子结构可以输出为比较高清的图像保存

安装方法

　　1、下载 chimera-1.13.1-win64.exe应用程序执行安装，这里是软件的安装提示界面

　　2、软件的安装协议内容，勾选I accept the agreement点击next

　　3、提示软件的安装地址C:Program FilesChimera 1.13.1rc

　　4、这里是软件的快捷方式设置界面，默认Chimera 1.13.1rc

　　5、你们可以为软件设置桌面图标，勾选Create a desktop icon

　　6、提示软件的安装界面，这里点击install就可以安装了

　　7、显示软件的安装进度，请稍后

　　8、提示安装成功，点击finish退出软件安装引导

使用方法

　　1、打开UCSF Chimera，这里是软件的数据加载界面，可以在这里添加分析的数据，可以将分析结果保存到图像

　　2、这里是查看的界面，可以选择元素、官能团、IDATM类型

　　3、点击Residue可以在这里查看氨基酸类，选择amino acid category就可以查看

　　4、这里是Selection Mode(replace)的界面，可以对模型的内容替换，可以选择相交、减去，也可以显示模式图标

　　5、这里是互动的界面，分析结构的时候可以选择Interactive 1 (ribbons)， Interactive 2 (all atoms)

　　6、这里可以点击Command Line进入命令行界面。可以点击Model Panel进入模型面板

　　7、点击Viewing Controls可以查看控制，显示侧视图、相机、影响、照明、亮度

　　8、点击Depiction查看分子结构的描述，颜色的二级结构、核苷酸、呈现的属性、2 d标签、颜色的行为、带样式编辑器、表面覆盖、每个模型剪切、颜色区域

　　9、点击Structure Analsis可以进入结构分析界面：角度/扭力、金属几何、轴/飞机/重心、热椭圆体、呈现的属性、定义属性、属性计算器

　　10、Structure comparison是结构比较功能，显示改变构象、RR距离地图、合奏集群、整体匹配、砖结构

　　11、点击Surface/Binding Analysis可以显示：静电表面着色、库仑表面着色、表面覆盖、Surace区、ViewDock、码头准备、AutoDock维纳、测量体积和面积、从网络面积/体积、测量和颜色斑点

　　12、点击Structure Editing，提示旋转异构体、整合扭转、构建结构、模型/完善循环、移动鼠标模式、最小化结构、添加离子

　　13、MD/Ensemble AnalysisMD /整体分析：合奏集群、整体匹配、砖结构、分子动力学模拟

　　14、Higher-Order Structure 高阶结构：多尺度模型、单胞、水晶的联系人、Smal-Angle x射线概要、二十面体表面、锡板二十面体

　　15、 Volume Data量数据：量观众、适应地图、表面的颜色、颜色区域、变形图、体积示踪剂、体积过滤、隐藏灰尘、部分地图、适合段、MultiFit、体积的橡皮擦、测量体积和面积、测量和颜色斑点

　　16、 Demos是运动演示，COX抑制剂演示、受体复杂的演示、演示编辑器、关于演示

　　17、Movement是演示功能：旋转、取消移动、重做移动、移动鼠标模式、受限的移动、转换坐标

　　18、附加的功能：Repl日志、2 d标签、记事本、电影记录器、颜色键、动画、结构图、浏览器配置、基准、颜色编辑器、面板编辑器

　　19、额外的工具：Insilichem /七巧板、更多的嵌合体插件、添加第三方插件的位置

　　20、模型面板中、侧视图、命令行、序列、回复日志、添加到收藏夹/工具栏

　　21、文件路径列表样式、全屏图片:、尽量避免放置对话框、在主窗口。、文件浏览器确认覆盖、使用短打开/保存浏、器、打开对话框开始在目录、从上节课:、调试OpenGL在启动时

　　22、这里是软件的帮助界面，点击 Search Documentation进入相关资源的搜索界面