MEGA(分子进化遗传分析软件)

　　MEGA 7进化树软件常用于生物基因分析，可以在软件分析分子结构，可以分析蛋白质结构，可以在软件寻找最佳DNA /蛋白质模型（ML），支持查看模式异质性的视差指数检验，支持打开估计替代矩阵（ML），支持估计转换/转换偏差（ML），支持计算MCL替换矩阵、计算MCL转换/转换偏差、计算模式差异指数、计算组成距离，具有的功能非常多，让用户在分析分子进化遗传数据的时候可以获得更多帮助！

新版功能

　　版本7包含许多与MEGA6相比的增强功能。他们包括

　　针对64位处理器体系结构的优化源代码。 MEGA现在可以使用许多GB的内存（取决于可用的硬件资源和操作系统），而MEGA以前只能使用<4GB的RAM。 （注意*** MEGA7和未来的版本不会分发给32位架构）。

　　添加了向导式系统，用于识别树中的基因复制事件。此外，如果提供物种树，将使用Zmasek和Eddy（2001）的算法识别物种形成事件。

　　重新考虑树资源管理器，以便可以显示多达100k类群的树。这取决于可用的内存和图形处理资源。

　　重新考虑Timetree系统，用于估计系统发育中所有分支点的相对和绝对发散时间（Tamura等人，2012），以使用更直观的向导式界面。

　　更新了Tree Explorer，以显示推断树中所有内部节点的数据覆盖率。数据覆盖值可用于识别树中的有问题的节点，由于数据覆盖不充分，其分支长度估计可能不可靠。

　　Timetree系统现在要求所有时间段都使用outgroup进行植根。用户界面已更新为两种方法，用于指定outgroup（通过Tree Explorer或通过Taxa / Groups对话框）。

　　添加了其他图像格式以导出树图像。

　　已删除对ImageMagick的依赖。

　　Caption Expert系统已更新，因此可以将标题停靠在Tree Explorer窗口中。

软件特色

　　文本文件编辑器和格式转换器

　　MEGA包含一个文本文件编辑器，可用于创建和编辑ASCII文本文件。如果输入数据文件处理模块检测到数据文件格式的错误，则由MEGA自动调用。在这种情况下，您应进行适当的更改并保存数据文件。

　　Alignment Explorer

　　Alignment Explorer提供以下选项：（1）查看和手动编辑对齐;（2）使用内置CLUSTALW实现和MUSCLE程序生成对齐（对于任何矩形区域中的完整序列或数据）。 Alignment Explorer还提供了用于探索基于Web的数据库（例如，NCBI查询和BLAST搜索）并将所需序列数据直接检索到当前对齐的工具。

　　关于MUSCLE

　　MUSCLE是用于产生氨基酸和核苷酸序列的多重比对的程序。 将MUSCLE的速度和准确性与T-Coffee，MAFFT和CLUSTALW进行比较，并在所有测试中达到最高或联合最高等级。 如果在不进行细化的情况下使用，其精度与T-Coffee或MAFFT相同，并且在调整三者中的大序列时最快。

　　关于CLUSTALW

　　ClustalW是广泛使用的用于比对任何数量的同源核苷酸或蛋白质序列的系统。对于多序列比对，ClustalW使用渐进比对方法。在这些中，最相似的序列，即具有最佳比对分数的序列首先对齐。然后逐渐更远的序列组对齐，直到获得全局对齐。这种启发式方法是必要的，因为找到全局最优解决方案在内存和时间要求方面都是过高的。

安装方法

　　1、下载MEGA7.0.26_win64_setup.exe软件直接启动，点击next

　　2、显示软件的安装地址，这里的地址可以默认

　　3、提示ico图标设置，可以勾选

　　4、提示格式关联，默认勾选界面显示的格式，点击下一步

　　5、显示安装准备界面，点击install就可以开始安装

　　6、显示安装结束，点击finish退出安装

使用方法

　　1、MEGA 7的界面如图所示，软件是英文，可以在软件查看当前的功能

　　2、点击打开功能，可以将本地的一些案例打开

　　3、这里是数据添加都是，可以将蛋白质分析的ml文件打开

　　4、支持计算成对距离、计算总平均距离、在组平均距离内计算、计算组平均距离、计算组平均距离之间的网络

　　5、支持计算子群体内的平均多样性、计算整个人口的平均多样性、计算平均人口群体多样性、计算分化系数

　　6、支持构造/测试最大似然树、构造/测试邻居加入树、ConstructTest最小进化树、构建/测试UPGMA树、构造/测试最大简约树（s）

　　7、通过最大似然分析用户树、通过Parsimony分析用户树、用最小二乘法分析用户树、编辑/绘制树（手动）、显示Newick树

　　8、支持推断祖先序列（ML）、推断祖先序列（Parsimony）

　　9、估计每个密码子（HyPhy）的选择、基于密码子的Z选择测试、基于密码子的Fisher精确选择测试

　　10、估算场地比率（ML）的Gamma参数、估算逐个比率（ML）

　　11、田岛的相对速率测试、测试分子钟（ML）、计算时间树（Reltime ML）

　　12、探索活动数据、导出数据、将数据会话保存到文件、选择遗传密码表、择Genes and Domains、选择Taxa和Groups。

使用说明

　　使用MEGA文本编辑器查看数据文件

　　在主MEGA菜单中，您可以打开任何文本文件进行查看和/或编辑。在此示例中，我们将打开本机MEGA文本文件并探索其格式。此功能在MEGA中不常使用，但在文件损坏或需要手动编辑时非常有用。如果您想尽快开始使用MEGA，可以跳过此示例。

　　例1.1：

　　要打开文本编辑器，请单击“文件”|从主MEGA菜单编辑文本文件。

　　在打开的窗口中，选择File |打开并使用文件浏览器导航到MEGA / Examples目录。选择“Drosophila_Adh.meg”文件将其打开。

　　检查“Drosophila_Adh.meg”文件。请注意OTU（Operational Taxonomic Unit）名称和交错序列数据。该文件采用MEGA格式，这是MEGA读取用于分析的两种格式之一。 MEGA接受分析的另一种格式是FASTA。

　　注意：

　　#mega指令指定文件的格式，即MEGA格式。

　　！Title指令指示文件的标题，直到分号。

　　！Description指令指示文件的描述，直到下一个分号。

　　！Gene指令用于识别基因及其属性，直到下一个分号。

　　＃指令用于指定序列数据。

　　在文本编辑器中，您可以对文件进行更改，例如指定格式。尝试编辑器中的菜单选项。

　　在继续进行数据分析之前退出文本编辑器。选择文件|从文本编辑器窗口退出编辑器主菜单选项。如果编辑器询问您是否要保存对文件所做的更改，请单击“否”。

　　打开（激活）用于分析的数据文件

　　您可以使用以下任一方法激活数据文件：

　　从主MEGA窗口的启动栏中，单击Data |打开文件/会话

　　单击文件|从MEGA窗口的主菜单中打开文件/会话。

　　从MEGA的主菜单中选择分析或计算，然后系统将提示您打开数据文件。在继续计算之前，您必须提供数据文件。

　　例1.2：

　　现在我们将使用第一种方法选择要激活的文件。从主MEGA窗口中，选择Data |从启动栏打开文件/会话。导航到Examples目录（Mega7 / Examples）并打开“Drosophila_Adh.meg”文件。

　　在主MEGA启动栏下方，您会注意到MEGA主窗口中出现了两个图标; “TA”图标和“关闭数据”图标。单击“TA”图标，您将能够查看刚刚打开的数据。单击“关闭数据”图标以关闭当前打开的数据文件。

　　注意：您一次只能打开一个数据文件。您可以通过转到Data |打开另一个数据文件打开文件/会话，您将看到一个警告，询问您是否要关闭当前文件以打开另一个文件，只需说“是”。每次选择分析时，MEGA都会询问您是否要使用当前活动的数据。如果单击“是”，则下一个分析将使用您已打开的数据文件，单击“否”将关闭当前数据文件，并且将要求您提供新文件。

　　提示：您可以通过选中“记住使用当前活动数据文件”复选框来关闭此提示。然后MEGA将假设您要继续使用该文件，直到您打开另一个文件或关闭MEGA。

　　查看序列数据

　　Sequence Data Explorer允许您直观地浏览序列数据，并根据数据组成执行各种统计分析。您可以使用以下任何方法激活“序列数据资源管理器”窗口：

　　单击主MEGA窗口启动栏下方的“TA”图标。

　　按键盘上的F4键。

　　选择数据|从主MEGA窗口的启动栏中浏览活动数据。

　　注意：您必须已打开一个数据文件才能浏览活动数据。

　　例1.3：

　　如示例1.2中所述重新打开果蝇文件。

　　选择数据|从主MEGA窗口的启动栏中浏览活动数据，序列数据将显示在Sequence Data Explorer窗口中。保持此窗口打开以进行下一个示例。

　　注意：如果将鼠标悬停在工具栏上的图标上，每个图标都将显示描述图标功能的文本。此窗口提供了多种选项，用于以各种格式保存显示的数据，翻译和突出显示序列，设置站点覆盖范围以及用于在数据文件中查找信息的各种工具。

　　翻译序列

　　使用序列数据资源管理器，您可以使用以下任何方法将蛋白质编码序列翻译成氨基酸序列并返回：

　　选择数据|从Sequence Data Explorer主窗口翻译序列。

　　按键盘上的T键。

　　单击Sequence Data Explorer启动栏上标有UUC - > Phe的按钮。

　　注意：T键是一个切换 - 它打开和关闭翻译。您可以通过单击Sequence Data Explorer主菜单选项Data来判断数据是否已翻译。如果数据已翻译，则“翻译序列”选项旁边会有一个复选标记。

　　例1.4：

　　在序列数据资源管理器（来自前一个示例）中仍然打开果蝇文件，按键盘上的T键将核苷酸序列翻译成氨基酸序列。

　　翻译序列后，通过选择Statistics |来计算氨基酸组成Sequence Data Explorer窗口中的氨基酸组合主菜单命令。如果您没有安装Microsoft Excel，我们建议您选择Statistics |以逗号分隔（CSV）或统计|显示结果在运行氨基酸组成报告之前，在文本编辑器中显示结果以CSV或文本格式查看结果。如果你有Excel，MEGA将打开一个显示氨基酸组成计算的Excel工作簿。除Mac外，在这种情况下您必须保存文件。

　　退出excel。

　　注意：如果您的计算机上未安装Excel，并且仍选择另存为Excel，系统将提示您将结果以excel格式保存在硬盘驱动器上的某个位置。

　　导出序列数据

　　使用序列数据资源管理器，您可以使用以下格式保存数据：Mega，Nexus（PAUP 4.0），Nexus（PAUP 3.0 / MacClade），Phylip 3.0，Excel工作簿或CSV（Excel可导入）。

　　例1.5：

　　在Sequence Data Explorer启动栏上，单击Export Data ebx_1406274670.gif图标。将出现窗口，导出序列数据。

　　在此窗口中，您可以设置数据的标题和说明以及选择格式。

　　注意：如果选择除Excel以外的任何导出格式，则数据将在“文本文件编辑器和格式转换器”窗口中打开，如果要保存导出的文本，请转到“文件”|“文件”。另存为。如果选择Excel选项并在计算机上安装了Excel，则数据将显示在新的Excel工作簿中。如果选择Excel并且计算机上未安装Excel，则将创建一个Excel文件，系统将提示您输入要保存的位置。选择除Excel之外的任何选项。

　　保存会话

　　MEGA包含一个用于保存数据会话的功能，允许您将翻译状态，突出显示，字体更改，分类群，基因和域以及/或与当前文件关联的其他更改保存到单个会话文件中。如果稍后打开保存的会话，将自动恢复数据和所有相关设置。

　　例1.6：

　　从Sequence Data Explorer主菜单中，选择Data |保存会议。将打开一个“另存为”对话框，允许您将会话保存在所选位置的“.mdsx”文件中。任何翻译，突出显示，字体更改等都将保存在生成​​的会话中。将文件另存为“Drosophila_Adh.mdsx”。

　　单击MEGA主窗口中的“关闭数据”图标，关闭“序列数据资源管理器”窗口和数据文件。

　　选择Data |重新打开会话从主MEGA窗口的启动栏打开文件/会话...并选择“Drosophila_Adh.mdsx”文件。对数据所做的任何更改都将保留。

　　关闭Sequence Data Explorer窗口和Drosophila文件。

　　查看距离数据

　　MEGA允许您以MEGA的原生“.meg”格式保存距离数据，然后使用距离数据资源管理器探索数据。

　　例1.7：

　　从MEGA主窗口的启动栏中选择Data |打开文件/会话...

　　在“打开文件”窗口中，找到名为“Distance Data.meg”的数据文件，然后单击“打开”按钮以激活数据文件。此文件位于MEGA / Examples目录中。

　　在主MEGA窗口中，选择Data |探索活动数据。所选数据文件的内容将显示在“距离数据资源管理器”窗口中。

　　在最左边的列中，您将看到列出的分类单元的名称。您可以通过拖动右边缘的垂直条来调整此列的大小。距离显示在右侧的列中。

　　您可以通过单击标记为0.0（减小十进制）和0.00（增加十进制）的工具栏图标来更改距离中显示的小数位数。

　　导出距离数据

　　在整个MEGA中，您将找到查看窗口，每个窗口都有自己的工具栏图标集。在适当的情况下，您将看到一组“导出”图标。显示的图标集取决于您使用的查看器和当前分析。在距离数据资源管理器中，可用的导出格式和相关图标为：XL，CSV，MEGA和TXT。

　　例1.8：

　　单击标有CSV的图标。将出现Distance Write-out Options窗口。由于您单击了CSV图标，因此输出格式将自动设置为“CSV：逗号分隔文件”。

　　单击“打印/保存矩阵”按钮。将在文本文件编辑器和文件格式转换器中打开一个新的CSV文件，显示您的数据。新文件将自动获得名称并保存到您的计算机临时文件夹中。使用文件|文本编辑器中的“另存为”菜单选项为文件指定了不同的名称，并为其指定目标文件夹。

　　计算平均距离

　　在Distance Data Explorer任务栏上，您将找到Average菜单。从这里，您可以通过多种方式计算序列之间的平均成对距离：总体，在组内，组之间和组之间的网络。当然，为了根据组计算，必须为您的数据定义组。有关定义组的更多信息，请参阅标记为“使用组管理分类”的教程。

　　例1.9：

　　选择平均值|整体来自Distance Data Explorer主菜单。将显示一个对话框，显示所有选定序列中计算的总体平均成对距离。

　　选择File |，关闭Distance Data Explorer窗口退出查看器主菜单选项。

　　注意：如果您希望继续学习本教程，请打开MEGA。如果没有，请通过选择File |来关闭MEGA从主MEGA窗口退出MEGA菜单命令。

　　注意：如果您关闭MEGA然后重新打开它，MEGA将记住您之前用于分析的设置（引导程序，模型等）。如果您最后使用的设置不适用于您当前正在执行的分析，MEGA将为您选择第一个适用的选项。 MEGA尝试尽可能多地重复使用设置，以节省时间和精力。