dnaman下载(序列分析软件)

　　dnaman是国外开发的一款序列分析软件，可以帮助需要分析序列的朋友提供更智能的分析方案，让你可以使用电脑软件帮助你完成实验分析，对于数据分析以及绘图显示实验数据都是很适合的，如果你经常分析序列，那么使用这款软件就可以让你的实验数据分析变得更加简单；dnaman是国外开发的软件，支持电荷/ pH、蛋白质消化、抗原肽、疏水性概况二级结构、信号肽等分析功能，也支持NDA属性分析，支持绘制序列图、支持点阵比较，需要的朋友就下载吧！

软件功能

　　DNA和蛋白质数据库

　　DNAMAN的数据库功能为用户提供了组织不同受试者的DNA和蛋白质序列的工具。数据库源自sqlite3，可以处理大量记录。

　　数据库管理

　　选择数据库| Manager命令用于打开“数据库管理器”对话框。

　　数据库管理中有许多功能：创建新数据库，连接到数据库，执行SQL查询以及列出所有记录。

　　创建一个新数据库

　　单击“新建数据库”按钮以打开“新建数据库”对话框。您可以输入新数据库的名称。

　　连接到数据库

　　单击“连接数据库”以打开DNAMAN中可用的数据库列表。选择一个作为默认数据库。 DNAMAN中的所有数据库相关函数都使用默认数据库执行。

　　打印数据库的记录

　　DNAMAN显示默认数据库的所有记录。该列表显示有关记录的所有信息，便于记录搜索或识别。右键单击并选择打印记录列表菜单可以打印出列表。双击列表中的记录将显示要编辑的序列记录。

　　复制数据库的记录

　　您可以通过右键单击并选择复制记录列表菜单将记录列表复制到剪贴板。该列表可以粘贴到其他程序，如Excel。

软件特色

　　蛋白质序列与翻译分析

　　1、遗传密码表

　　DNAMAN使用遗传密码表进行翻译分析。默认情况下，使用通用代码。 DNAMAN提供了七个遗传密码表。此外，您可以为您的工作创建特定的遗传密码。可以选择列表中的任何代码作为默认遗传密码，其用于序列翻译的所有功能分析中。

　　3、选择默认遗传密码表

　　选择蛋白质|选择遗传密码表命令以打开遗传密码表选择框。所有可用代码都列在框中。单击代码名称将其选为默认代码。

　　3、编辑遗传密码表

　　您可以通过单击遗传代码表选择框中的编辑按钮添加新的遗传密码表或修改现有遗传密码表。表文件采用文本格式。要在文本文件中添加新代码表：

　　1）在第一行以“//”开头。

　　2）在第二行中键入代码名称。

　　3）输入表格。使用一个字母代码表示氨基酸，使用小写字母表示起始密码子，*表示终止密码子。您可以在遗传密码表中定义最多五个起始密码子和五个终止密码子。代码顺序应从上到下，从左到右遵循标准的通用遗传密码表。

　　您可以通过选择Info |来显示遗传表遗传密码表命令。 DNAMAN显示通用遗传密码表和一些变体。

　　A.通用代码

　　B.脊椎动物线粒体代码

　　C.酵母线粒体编码

　　D.昆虫线粒体编码

　　E.原生动物线粒体编码

　　F.植物线粒体编码

　　G.纤毛虫原生动物核代码

　　翻译概述

　　为了便于在大DNA序列上搜索ORF，DNAMAN提供了对默认DNA序列的六个阅读框的翻译概述的图形表示。通过概述，您可以轻松找到翻译开始和停止位置。但是，当存在内含子时，概述可能无法显示正确的预测。

　　在图中，顶部直线表示DNA序列。该线作为比例平均分为十个部分。六个图用于表示序列的六个阅读框，每一行代表其中一个。在每个图中，初始密码子显示为每个序列线上方的短垂直线和序列线下显示的终止密码子。前三个图表显示了Plus（感觉）股线上的阅读框架，而底部三个图表显示了Minus（反义）股线。左侧的名称表示阅读框。

　　由于翻译初始密码子和终止密码子随着不同的遗传密码表而变化，因此当您选择另一个遗传密码表时，图表会发生变化

　　您可以更改图表的位置和长度。将光标放在第一行的右端。当光标切换到时，按下鼠标左键并拖动它以更改图表的长度。要移动图表，请将光标放在第一条直线（刻度）的左端。当光标切换到时，按下鼠标左键并将图表拖到另一个位置。

　　当光标是概览图形上的十字形时，位置坐标显示在屏幕的左角。

　　有两种方法可以显示概述中的序列编码信息：

　　1、双击图表上的ORF栏。 DNAMAN将显示具有或不具有DNA序列的ORF的氨基酸序列。

　　2、使用鼠标选择任何阅读框的区域。 DNAMAN将在所选的rading框架和区域中显示具有氨基酸序列的DNA序列。

　　您可以按“选项”按钮修改“概览”图。将出现一个对话框以显示选项。

　　3、显示星形/终止密码子位置。如果选中此选项，DNAMAN会在图表上显示垂直线上的所有Start和Stop密码子。如果未选中该选项，您可以隐藏这些行。

　　4、显示可能的ORFs。如果选中此选项，DNAMAN会在所有可能的开放阅读框上绘制箭头条。箭头表示翻译方向。如果检查使用起始密码子，则ORF始终以起始密码子开始。如果未经检查，ORF可以以除Stop之外的任何密码子开始。可能的ORF由最小长度定义。任何大于最小长度的连续阅读框都将被视为可能的ORF。您可以在“宽度”框中更改箭头栏大小。

　　5、双击时仅输出蛋白质序列。通过双击可能的ORF，DNAMAN弹出一个Text窗口以显示ORF的翻译。如果选中此选项，则DNAMAN仅显示氨基酸序列。否则，DNA和蛋白质序列都显示在翻译窗口中。

　　6、视图。有四个框用于定义图形的位置和大小。您可以根据自己的喜好进行修改。

安装方法

　　1、下载DNAMAN 9.exe启动，提示软件的协议内容，接受协议点击next

　　2、软件的安装地址可以设置为C:Program Files (x86)DNAMAN

　　3、提示软件的准备安装界面，点击install

　　4、提示软件已经安装完毕，点击finish退出安装

破解方法

　　1、复制破解补丁DNAMAN.exe到软件的安装地址下替换官方的软件就可以将软件破解

　　2、软件的界面就是这样的，可以在这里查看软件的界面功能，可以点击help查看帮助

　　3、因为软件是英文的，所以小编就不知道如何使用了，这里介绍一下菜单的功能

　　4、点击new可以建立新的序列分析，点击open可以将你以前分析的内容打开

　　5、编辑就是一些简单的数据复制或者是数据粘贴的功能

　　6、点击Load Sequence添加序列，支持从序列文件、来自GenBank文件、来自GCG文件、来自数据库。

　　7、点击Secondary Structure可以添加二级结构，支持选择当前序列、所有可用序列、结构能量

　　8、支持限制分析、克隆、地图重建、绘制地图..限制地图文件、沉默的变异、定向不匹配

　　9、支持遗传密码表、翻译概述、反向翻译、密码子优化、密码子用法、保存/附加密码子使用文件、打开密码子使用文件、序列组成和属性

使用说明

　　引物分析

　　DNAMAN提供表征寡核苷酸的功能，设计PCR /测序引物并分析靶序列上引物的可能的引导错误位点。

　　将引物加载到内存中

　　引物分析从将寡核苷酸序列加载到记忆中开始。您可以在内存中使用寡核苷酸序列进行许多功能分析。

　　您可以直接从键盘输入序列或从数据库中检索寡核苷酸序列。对于键盘输入，请选择Primer |加载引物|从输入命令打开输入引物对话框，然后键入核苷酸序列。要从数据库中检索，请选择Primer |加载引物|从Oligo Database命令打开Oligo Database框。选择一个可用的数据库，然后双击要将其加载到内存中的记录。

　　自互补性

　　通过选择Primer |自我互补命令，您可以搜索寡核苷酸的最可能的自身互补构象（发夹结构）。

　　您可以按照第五章中的描述修改图形内容。

　　熔点温度

　　选择入门| “熔化温度”命令将打开“熔化温度”对话框。内存中的寡核苷酸序列显示在Oligo序列框中。 DNAMAN根据序列计算引物的长度，GC％和分子量，并在对话框中显示结果。

　　用三种方法计算寡核苷酸的解链温度：

　　1）热力学Tm：

　　使用最近邻热力学值方法（Breslauer等人）计算Tm。对于较长的寡核苷酸，该方法不太准确。 Tm的公式是

　　TM = DH /（DS-RLN（CD）） - 273.15 + 16.6 *（日志10（CS））

　　当dH是焓时，dS是熵，R是1.987cal K-1mol-1，Cd是DNA浓度，Cs是盐浓度。

　　2）杂交Tm：

　　该方法通常用于DNA或RNA杂交，尤其是在高盐和甲酰胺存在下。更长的寡核苷酸更准确。 Tm使用以下公式计算：

　　对于DNA：DNA杂交：

　　的Tm = 81.5 + 16.6 *（日志10的[Na +]）+ 0.41 * [％（G + C）] - 0.63 *（％甲酰胺）-500 / L-1.5（％错配）

　　用于DNA：RNA杂交：

　　的Tm = 79.8 + 18.5 *（日志10的[Na +]）+ 0.58 * [％（G + C）] + 11.8 * [％（G + C）] 2-0.5 *（％甲酰胺）-820 / L-1.5（％不匹配）;

　　RNA：RNA杂交：

　　的Tm = 79.8 + 18.5 *（日志10的[Na +]）+ 0.58 * [％（G + C）] + 11.8 * [％（G + C）] 2-0.35 *（％甲酰胺）-820 / L-1.5（％不匹配）;

　　*其中L是寡核苷酸的长度（碱基）。

　　3）GC + AT Tm：估计的Tm是每个碱基的贡献的总和：A和T为2℃，G和C为4℃。

　　Tm计算涉及几个参数。

　　DNA浓度仅用于热力学Tm。您可以增加寡聚DNA浓度以增加Tm。

　　盐浓度影响热力学Tm和杂交Tm。在[Na +] [mM]框中，您可以键入实验的合适盐浓度。该值必须是大于0的整数。

　　杂交Tm需要杂交类型。在DNA / RNA框中，输入杂交类型：

　　D：D用于DNA和DNA杂交

　　D：R用于DNA和RNA杂交

　　R：R用于RNA和RNA杂交。