GSL Biotech SnapGene(分子生物学软件)

　　GSL Biotech SnapGene是一款分子生物分析软件，可以帮助用户在软件分析生物问题，这款软件功能丰富，可以在软件分析DNA序列、蛋白质序列、酶特征或引物，支持编辑多个引物、调整引物杂交参数、隐藏或显示引物、对引物列表进行排序、导入引物，所有的功能都在软件菜单界面显示，您只需要点击菜单的功能就可以建立分析任务，从而将自己的生物实验数据加载到软件就可以立即开始分析实验，这款软件是国外开发所以界面是英文，如果你会使用就下载吧！

软件功能

　　1.限制性站点指标

　　确认限制性网站适合克隆。独特性，甲基化敏感性，特殊性质以粗体显示独特的限制性位点，或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组，不要被愚弄，因为限制性位点被Dam，Dcm或EcoKI甲基化阻断。SnapGene将自动用星号标记该站点，利用工具提示来避免有问题的限制网站。

　　2.限制性克隆

　　可视化克隆过程的所有方面，如果您已经考虑过程，则模拟只需几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷，则可以捕获并纠正错误。

　　3.PCR

　　模拟标准PCR，使用您自己的引物，或要求SnapGene自动设计引物。产品文件在其历史记录中存储模板和引物。

　　4.重叠延伸PCR

　　通过重叠延伸PCR融合片段，最多可组装八个碎片。选择要连接的片段及其方向，SnapGene将设计引物。

　　5.引物定向诱变

　　使用诱变引物进行定点诱变，选择诱变引物，按下按钮查看修饰的质粒。历史颜色突出了突变。

软件特色

　　1、DNA可视化

　　查看DNA序列的多个视图。

　　2、大序列支持

　　浏览染色体大小序列。

　　3、蛋白质可视化

　　查看蛋白质序列的多个视图。

　　4、直观的序列编辑

　　轻松编辑DNA和蛋白质序列。

　　5、序列颜色编码

　　将选定的DNA或氨基酸序列设置为十种颜色之一。

　　6、特征注释

　　自动注释常用功能，或手动注释新功能。

安装方法

　　1、打开GSL Biotech SnapGene 3.2.1.exe就可以在软件界面安装，设置安装地址C:Program Files (x86)SnapGene

　　2、提示软件的安装协议内容，点击接受

　　3、显示软件附加的内容，点击下一步

　　4、软件开始菜单快捷方式名字设置为SnapGene

　　5、软件安装进度界面，等待软件安装结束吧

　　6、显示安装完毕界面，现在SnapGene已经安装到你的电脑

使用说明

　　1、打开SnapGene软件提示协议内容，点击agree同意

　　2、提示你需要注册软件，如果你有注册码就可以在这里输入，如果没有就可以点击试用

　　3、提示你可以试用三十天，你需要在下方输入自己的邮箱地址、名字、电话，点击OK

　　4、随后官方自动显示试用注册码，可以点击下方的激活功能

　　5、进入软件以后选择一个项目类型，输入名字就可以点击确定

　　6、SnapGene主界面如图所示，这里就是分析界面，如果你会使用就可以自己新建分析项目

官方教程

　　创建一个简单的功能

　　如何在DNA序列中指定特征？

　　选择序列区域

　　选择将使用特征标记的序列区域。在此示例中，已在“序列”视图中选择了多克隆位点（MCS）。

　　添加功能

　　要添加功能，单击功能→添加功能......。

　　指定功能名称，类型和方向性

　　（1）键入新功能的名称。

　　（2）指定要素类型（根据GenBank约定）和方向性（非定向，正向，反向或双向）。

　　选择特征颜色

　　单击“颜色”按钮。选择标准颜色，或单击“ 更多颜色...”。要将要素显示为黑色细线，请单击“ 无颜色”。

　　输入说明

　　如果需要，请在“/ note”字段中输入说明。此字段上方的按钮允许格式化文本，并允许插入符号字符或超链接。

　　创建该功能后，将鼠标悬停在该功能上将在工具提示中显示“/ note”字段的内容。

　　查看功能

　　单击“ 确定”以查看新功能。

　　创建翻译的功能

　　如何创建将在“序列”视图中翻译的要素？

　　选择翻译的序列区域

　　选择将使用已翻译特征进行注释的序列区域。

　　添加功能

　　要添加功能，单击功能→添加功能......。

　　命名功能

　　输入新功能的名称。

　　打开翻译

　　（1）要打开翻译，请单击复选框，或选择“CDS”（编码序列）作为要素类型。

　　（2）指定平移的方向性为向前（顶部）或反向（底部）。

　　（3）单击“选项”以更改阅读框或遗传密码或翻译编号，或确保非ATG起始密码子被翻译为蛋氨酸。

　　输入说明

　　如果需要，请在“/ product”字段中输入蛋白质的描述。您可能希望在“/ note”字段中提供其他信息。

　　创建要素后，如果将鼠标悬停在要素上，则两个字段的内容将显示在工具提示中。

　　查看翻译

　　单击确定以在序列视图中查看已翻译的特征。

　　选择1或3个字母的氨基酸代码

　　如果需要，单击侧面工具栏中的按钮可在1-和3个字母的氨基酸代码之间切换。

　　调整翻译的功能编号

　　如何更改翻译特征的氨基酸编号？

　　打开“编辑功能”对话框

　　该特征代表Cas9蛋白的C末端片段。编号从+1开始，目标是调整编号以匹配全长Cas9的编号。

　　要调整转换起始编号，请双击该功能以打开“ 编辑特征”对话框。

　　打开“功能转换选项”对话框

　　单击“ 功能转换选项...”按钮。

　　调整功能翻译编号

　　要调整功能翻译编号，请使用“翻译号码开始时间”控件。

　　对话框调整显示，使每行的最后一个氨基酸与最右列的数字相匹配。调整正确后，单击“ 确定”。

　　查看更新的功能翻译编号

　　在该实例中，特征翻译编号现在从氨基酸574开始。

　　调整分段特征的翻译编号

　　该序列显示了EGFP特征的三个片段。要调整转换编号，请双击该功能以打开“ 编辑特征”对话框。

　　第二部分由单个氨基酸Val-1a组成，其不存在于原始GFP中。要关闭第二个分段的编号，请单击“ 功能转换选项...”按钮。

　　选择“跳过此段”以省略段2的编号。

　　将“Start at”编号指定为+2以使用Segment 3重新开始编号。

　　查看更新的翻译编号

　　功能转换编号现在跳过第二个段，并在第二个段重新开始编号为+2。

　　创建功能段

　　如何将要素的一部分指定为细分？

　　选择功能段区域

　　选择将用特征段标记的DNA序列区域。

　　创建功能段

　　要创建要素段，请单击“ 特征”→“创建要素段...”。

　　命名细分

　　如果需要，键入段名称。

　　选择段颜色

　　如果需要，为该段选择不同的颜色。

　　查看细分

　　单击“ 确定”以查看分段功能。

　　注释内含子

　　如何在翻译的特征中添加内含注释？

　　查看翻译的功能

　　在该实施例中，酿酒酵母微管蛋白基因已被注释为翻译特征。内含子尚未确定，因此翻译包含终止密码子。

　　选择内含子序列

　　根据Saccharomyces基因组数据库，内含子位于碱基26 - 141之间。要指定这样的数值范围，请单击编辑→选择范围...，键入范围，然后单击选择。

　　删除所选功能段

　　要将所选区域注释为内含子，请单击“ 特征”→“删除特征段...”。

　　出现“编辑功能”对话框时，单击“ 确定”。

　　查看内含子

　　现在，虚线将标记内含子。翻译将调整以跨越内含子边界。在该实施例中，缬氨酸-9的密码子在两个外显子之间分开。

　　将内含子转换为小写

　　要转换内含子的翻译功能，小写字母，点击该功能将其选中，然后单击功能→内含子→转换内含子为小写...。

　　显示转换为小写的内含子数。单击确定。

　　注释用小写字符标记的内含子

　　如果要素中的内含子标有小写字符，则可以使用此属性来注释内含子。首先，单击该功能以选择它。

　　然后点击功能→内含子→标注小写地区内含子......。

　　虚线现在将标记内含子。

　　添加一个解理箭头

　　如何在要素中显示切割箭头？

　　指定插入点

　　首次创建要素时，可以执行以下步骤，但课程将假定该要素已存在。

　　要指定切割箭头位置，请在序列视图中的DNA序列内单击以放置插入点光标。在该示例中，解理箭头将位于两个特征段之间的边界处，但是解理箭头可以放置在特征中的任何位置。

　　添加一个解理箭头

　　要添加切割箭头，请单击“ 特征”→“添加切割箭头...”。

　　查看更新的功能

　　单击“ 确定”返回“序列”视图。将显示切割箭头。

　　删除一个解理箭头

　　要删除切割箭头，请双击该功能以打开“编辑特征”对话框。然后单击特征图上方的蓝色控制文本以列出可以移除的切割箭头。单击“ 确定”以删除所选位置处的切割箭头。

　　或者，选择该功能，然后单击功能→删除切割箭......。